Mục tiêu chung của Chương trình là phát triển nuôi trồng thuỷ sản hiệu quả, bền vững, chủ động thích ứng với biến đổi khí hậu; nâng cao năng suất, chất lượng, giá trị và khả năng cạnh tranh của sản phẩm nuôi trồng thủy sản; đáp ứng được các yêu cầu của thị trường trong nước và xuất khẩu. Một trong các nội dung của Chương trình là nâng cao chất lượng nguồn nhân lực.